博极群书,勤于著述。阮元曾聘他为“诂经精舍”教习,主讲钟山书院,以学术渊博称。性嗜聚书,闻人藏有善、秘本,借抄无虚日。金石文字拓本,古鼎彝书画,无不考其源委。家有藏书楼“平津馆”、“问字堂”、“孙氏祠堂”、“廉石居”等,贮书极富,以校勘精审见称。编撰有《孙氏家藏书目》,分外编3卷、内编4卷。《廉石居藏书记》1卷、《平津馆鉴藏书籍记》3卷,续编1卷,补遗1卷。嘉庆五年(1800),刊行《孙氏词堂书目》7卷。金石学代表作《寰宇访碑录》12卷,嘉庆七年成书。为收录石刻种类较多的一部石刻文献目录。全书依时代著录,周秦至元代石刻8 000余种,每件石刻注明撰人、书人、书体。编辑和刊刻文献甚多,